Antes de entrar no jogo (ainda no DOS), digite junto com o último "mk3", as seqüências de números abaixo. Esses códigos ativarão vários segredos. Entre eles estão as dicas para os chefões, como Shao Kahn e Motaro, e o lutador secreto Smoke!. Você ainda pode acessar dois códigos ao mesmo tempo:
c:\mk3\mk3 666 Smokecode - Para jogar com o Smoke
c:\mk3\mk3 1995 Ghostcode - Jogadores ficam transparentes
c:\mk3\mk3 8888 Fatcode - Jogadores ficam gordos
c:\mk3\mk3 1111 Skinnycode - Jogadores ficam super-magros
c:\mk3\mk3 12345 Tallcode - Jogadores ficam altos
c:\mk3\mk3 54321 Shortcode - Lutadores pequenos
c:\mk3\mk3 1000000 Ativa Shao Kahn e Motaro (modo de 2 jogadores)
c:\mk3\mk3 603015 Slowcode - Jogadores ficam lentos
c:\mk3\mk3 4862222 Death Blockcode - Se apertar BLOCK, você perde energia
c:\mk3\mk3 9966 Flipxcode - Jogadores ficam olhando pro lado errado
c:\mk3\mk3 8000 Turbo Modecode
c:\mk3\mk3 1000000 666 Ativa Shao Kahn, Motaro e Smoke!
c:\mk3\mk3 831 Jogadores ficam iguais as suas sombras (Noob Saibot Mode)