Apenas quando Mega Man X pensei que ele tinha trazido para baixo todos os Caçadores X, vários meses depois de uma revolta movimentos de dentro de uma fábrica abandonada. Enquanto 8 todos os novos X-Hunters ocupar Mega Man X, um triplo parcelas ameaça ressuscitar uma arma secreta que é muito familiar! A boa Dr. Light fornece Mega Man X com novas habilidades incríveis escondidos em cápsulas enterrados abaixo da superfície. E com os novos veículos, como o ciclo de ataque móvel mais poderes que os ganhos provenientes da X-Hunters, Mega Man X estará pronto para enfrentar o seu destino como um Maverick Hunter. Agora é tudo ou Zero para Mega Man X!