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São Luís das Missões, mais tarde chamada de São Luiz Gonzaga, foi fundada em 1687 pelo padre Miguel Fernandes, em região localizada a noroeste do atual Estado do Rio Grande do Sul, no chamado território das Missões, estas criadas em decorrência da ação dos jesuítas destinada à catequese dos índios guaranis, habitantes daquela área.
As missões jesuíticas se desenvolveram por largo território que atingia Argentina e Paraguai, além do Brasil, criando uma florescente civilização de construtores, escultores, entalhadores, pintores, músicos e outros artesãos, os quais deixaram marcas que hoje perduram nas ruínas da denominada República Guarani. Das trinta reduções jesuíticas existentes, sete se fixaram à margem esquerda do Rio Uruguai depois de 1687, dando origem aos Sete Povos das Missões, em cujos territórios hoje se situam os atuais municípios de São Luiz Gonzaga, São Borja, São João Batista, São Nicolau, São Miguel das Missões e Santo Ângelo. Sobreviveram até 1756, quando guaranis e jesuítas foram expulsos por tropas portuguesas e espanholas por força da nova divisão do território entre as duas nações estabelecida pelo Tratado de Madri de 1750.
Com a expulsão e morte da população indígena local pelos invasores, apesar da heroica resistência liderada pelo chefe guarani Sepé Tiaraju, a região passou por uma fase de abandono e estagnação até o século XIX, quando iniciou o desenvolvimento da atividade agrícola e pecuária, alcançando um momento de progresso que culminou com a emancipação política em 1880.
José Gomes Pinheiro Machado, ao retornar dos seus estudos de Direito em São Paulo, em 1878, se estabeleceu na cidade com banca de advocacia e passou a desenvolver a pecuária na Fazenda Piraju, de propriedade da sua família, muito trabalhando durante a sua carreira política pelo progresso do município.
Dedicando-se apaixonadamente à causa republicana, fundou em São Luiz o primeiro Clube Republicano Riograndense.6 Mais tarde, já como senador da República pelo Estado do Rio Grande do Sul, no alvorecer do século XX, procurou criar para a região a infraestrutura para o progresso, através da construção da estrada de ferro, da ponte sobre o Rio Piratini, da criação da escola agrícola e de outras iniciativas.
Com a chegada de importante unidade do Exército Brasileiro, o 3º Regimento de Cavalaria, em 1905, novos fatores de progresso daí se desenvolveram.
O município, por estar situado na região das Missões, é valorizado pelo turismo, que oferece muitos pontos de interesse para os visitantes a partir da história local. Além disso, é lugar de belas paisagens, cortadas por diversos arroios e rios, como o Piratini, o Ijuí e o Ximbocu.
