Esquadrão de média GI Joe, especialistas de combate magras move em ação! Cobra Comandante levantou a antiga ilha de Atlantis das profundezas do oceano, e está usando isso como base. Com um exército de quase indestrutível, e poderosas armas espaciais, a Cobra obcecado pelo poder está prestes a dominar o mundo! Avance através dos labirintos letais do complexo de armas de Cobra, lutando contra soldados, helicópteros, orbs laser, e aves de rapina-retalhamento da pele. Se infiltrar armazéns secretos onde Comandante Cobra realiza seus planos mortais. Em cada nível, encontrar um aliado de ainda maior força e habilidade para se juntar a sua equipe de combate. No último, enfrentar Comandante Cobra-se em um duelo traiçoeira para o domínio do mundo! Esta é uma luta só GI JOE pode ganhar!