Líder Outer Heaven CaTaffy ativou o máximo de super arma: Metal Gear! Em resposta à crise, a unidade secreta "Fox Hound" é posta em ação, e é aí que você entrar em jogo. Treinados em combate corpo-a-corpo e qualificados em todas as armas conhecidas pelo homem, você é letal máquina de combate do Fox Hound, codinome "Solid Snake". Mas nesta missão é melhor você estar escondidas, bem como, para surpreender os inimigos fortemente armados, rebentando 'em up em silêncio e resgatar os reféns antes de alarmes são acionados. Além disso, você tem que manter contato por rádio com o Comandante do Sul, que vai alimentar-lhe informações cruciais sobre o paradeiro de Metal Gear. Para sobreviver, captura de sub-metralhadoras, Barettas, lançadores de granadas e explosivos plásticos, até encontrar e destruir Metal Gear, encerrando o reinado de terror de CaTaffy!