A série Mega Man entra na arena cartão-luta em Mega Man Battle Chip Challenge. Você vai jogar um rapaz chamado Lan que possui um dispositivo único, conhecido como "Net-Navi." A organização WWW mal ameaça perturbar ciberespaço e, com a ajuda da sua Net-Navi, você deve fazer upload de Mega Man - armado com vírus destrutivos - no sistema. Suas armas consistem em cartões de batalha e chips, que você pode ligar. A batalha final para Net Domination começa como você lutar contra o seu caminho para o Chip Grand Prix Batalha sozinho ou competir com até dois jogadores via o cabo Jogo link.