Depois de cair sob o domínio do mal de Dr. Weil, Neo Arcadia entrou em colapso em um estado de caos e confusão. Zero descobre esta série de eventos desastrosos quando ele e seus amigos vêm para o resgate de um grupo de seres humanos que fogem Neo Arcadia. Agora cabe ao nosso herói Zero para resolver esse terrível conflito entre humanos e reploids para restaurar a paz ea segurança para a terra. Com os novos sistemas de apreensão de armas inimigas e criar fortalecimento chips e novos programas duende do Cyber ​​para introduzir novas habilidades.