Nos últimos anos, uma luta titânica para o controle do planeta tem se intensificado. Cada vez que ele tem colocado Mega Man, um campeão da justiça cibernético contra o vilão Dr. Wily e seus robôs renegados. E a cada vez, Mega Man saiu vitorioso! Agora, em uma tentativa desesperada de mudar o passado, Dr. Wily usou uma máquina do tempo para escorregar de volta à época de suas primeiras batalhas com Mega Man. Lá, ele planeja para se certificar de que, desta vez, Mega Man será história!