Eu não acredito que ainda não exista um tutorial na MRM sobre isso, muitos makers iniciantes não sabem como fazer isso, então aqui vai meu tutorial.
Para quem não sabe, encriptar um projeto é protegê-lo para que não possa ser editado por outras pessoas, esconde a pasta resources (para não pegarem seus gráficos) e a pasta data. Deixando possível somente JOGAR o jogo, o que é o objetivo.
1) Abra o RMXP.
2)Vá na aba "Arquivo" e clique em "Criar disco de jogo"
3)Clique em "..." e selecione onde vai ser criado o seu disco de jogo.
4)Clique em Encriptar Projeto.
5)Clique em OK.
6) Vá na pasta em que você colocou o disco de jogo, e execute-o. A pasta do seu projeto vai aparecer encriptada.