Algo misterioso está acontecendo na ilha pesquisa reploid. Os reploids cessaram funcionalidade ... seus dados estranhamente apagada. Agora, a equipe de investigação encontra reploids "irregulares" infectados com um chip de DNA novo e estranho. Este chip de DNA estranho, conhecido como "DNA Alma", substitui dados úteis com um vírus devastador Sigma e coloca todos os reploids em perigo iminente. Agora, cabe a Mega Man X e seu companheiro, Zero, para chegar à ilha danificado e descobrir quem está por trás do vírus DNA Alma.