Ele está de volta! E desta vez o mal Dr. Wily (uma vez que o poder supremo no universo) criou ainda mais sinistra robôs para montar seu ataque. Mas, como MegaMan, você também tem crescido em força e habilidade. Você pode salvar a humanidade dos maus desejos de Dr. Wily? Cada um dos oito impérios é governado por um super-robô diferente. Você deve derrotar cada inimigo em seu próprio território, construindo armas como você vai. Só depois de tudo são destruídos você vai passar de frente com o próprio idealizador, o mal Dr. Wily.