Perto do fim de sua vida, Dr. Light consegue criar o primeiro de uma nova série de robôs que vão mudar o mundo. Capaz de pensar e tomar decisões, este novo robô tem um grande perigo, bem como grandes possibilidades. Com medo das possíveis conseqüências de desencadear a sua criação no mundo, Dr. Light decide selá-lo em uma cápsula e testar seus sistemas até que estejam totalmente confiável. O futuro vai ter que decidir o seu destino ... Lançado a partir da cápsula por Dr. Cain, "X" é nascido no mundo do futuro, onde as rebeliões de robôs são uma coisa do passado. Mas quando o Dr. Cain tenta implementar projetos de Dr. Light para uma nova série de Reploids, algo dá horrivelmente errado. Agora o futuro está à beira da destruição e um novo Mega Man deve emergir para enfrentar Sigma e suas forças antes de a raça humana é varrida do planeta!