Mega Man Zero 3 continua a saga do personagem principal, Zero, e introduz novos elementos de jogabilidade que construir e expandir em cima de jogos anteriores da série Zero. Enquanto Zero e seus Reploid (robô) aliados continuar a luta pela paz no Neo Arcadia, um novo reploid, Omega, as tentativas de lavagem cerebral da Resistência. Agora, como Zero, você deve salvar seus aliados usando novos chips personalizáveis, uma nova arma Recoil Rod, cyber Elfos que aumentam suas habilidades, e discos secretos que oferecem informações valiosas.