O mestre das artes Shinobi furtivas ea letais ninja está de volta, maior e mais mortal do que nunca! Inimigo jurado de Joe Musashi, o Neo Zeed, agarra a cidade em um anel de crime vicioso. Mestre Sombra, um super ninja clonado a partir da própria linhagem de Joe, controla exército selvagem do Zeed de bio-ninja. Musashi não tem escolha, mas para aniquilá-los todos!