Outro jogo composto pela fusão de Sonic & Knuckles com outros games é o Sonic Special Stages. Na realidade o game não tem esse nome. Não é propriamente um game, mas sim uma coletânea com mais de 100 milhões de estágios especiais iguais aos do Sonic 3 e do Sonic & Knuckles. Para ativar este jogo, você deve acoplar o Sonic 1 ou o Sonic Classics ao Sonic & Knuckles. Mas outros jogos do Mega Drive também funcionam, mas não são todos e quando funcionam, são apenas estágios específicos. Acompanhe agora algumas informações e dicas para você se dar bem nos estágios. No Way! Se você tentar acoplar o jogo Sonic the Hedgehog vai se deparar com uma tela em que o Sonic, Tails, Knuckles e Robotnik fazem cara de quem está negando algo: não adianta! Não há nada! Mas se você pressionar ao mesmo tempo A + B + C, você ativará o Get Blue Spheres, ou como é conhecido, Sonic Special Stages. São inúmeros estágios especiais iguaizinhos aos do Sonic 3 e do Sonic & Knuckles. Você pode escolher o personagem com quem vai jogar, apertando o Botão C. Quando a estrela fica azul você jogará com o Sonic. Quando vermelha, com o Knuckles. É possível digitar códigos de outros estágios, através do campo "Code". São 12 dígitos.