Dezoito anos atrás, o Nebula planeta foi atacado pelo Sistema Lone Star, arqui-inimigo da Federação Interplanetária. A sua população dizimada, os poucos sobreviventes jurou proteger o seu futuro com as suas vidas. Essa hora chegou. Ancorado no portal espaço da nebulosa planeta, senta-se o combate arma fortaleza Plealos, nave-mãe da frota do Sistema Lone. O que ela não pode tomar, ela vai destruir. Agora é a sua oportunidade de usar suas habilidades de combate sofisticados e salvar o seu planeta. Você é Ryder Júpiter. Conhecido como Ace à Federação, você tem vingança em sua mente. E a única pessoa que você confia na batalha é a fiel Diana Rean, um determinado companheiro negrito. O que o traz em conjunto é o tirano Reficul, Imperador do Lone. Seus planos para dominar Nebula só pode ser frustrado com o poder do Thunder Force II, que deve ser alijar profundidade abaixo da superfície do planeta para Plealos para o confronto final. Aqui você vai contar com a Excelizer molecular, uma explosão tão forte que não deixa nada para trás, mas memórias. Vá adiante um bravo, e libertar toda a Federação das Reficul sempre.