Mega Man ​​X e seu parceiro fiel Zero tem uma nova força a ser enfrentada. Quem ou o que causou um motim de Mavericks para sair na utopia experimental conhecido como Doppler Town? Nomeado após o reploid cientista, Doppler Cidade era para ser um lugar onde os seres humanos e reploids poderia viver em harmonia. Depois de descobrir um vírus que estava virando reploids para Mavericks, anti-virus do Doppler foi um grande sucesso. Mas a própria Doppler tornou-se infectado com o vírus e montou uma equipe para tirar as Unidades Maverick Hunter. O Efeito Doppler está prestes a acontecer, com Mega Man ​​X e Zero a única cura para o vírus mortal!