Protoman tem enlouquecido! Destruindo a metade da cidade não era suficiente. Agora, ele arrebatou Dr. Light e está segurando ele e toda a cidade refém. Pressa para o resgate é Mega Man e sua modificado mega Buster, mas oito dos soldados cibernéticos do Protoman planeja enviar Mega Man para a sucata para o bem! Sinta o peso do mundo sobre seus ombros como você batalha Gravidade Man! Desbastar as defesas de rock-like de Stone Man e trazê-lo ruir! Hit do surf e navegar contra a energia das marés de Onda Man! Ajude Mega Man derrotar todos os oito robôs de Protoman e, em seguida, prepare-se para a luta que coloca irmão contra irmão na batalha do século!