Jimmy Neutron sai em outra aventura cheia de invenções e gadgets novos. Aliens de Twonkus-3 - o cometa anual que passa sobre Retroville - ter invadido a cidade, ameaçando tudo em seu caminho. Quando os alienígenas ouvir música, eles ficam agitados e crescer ainda mais. Como Jimmy, cabe a você descobrir combinações de itens de uso diário e transformá-los em invenções que vai derrotar o Twonkus-3 aliens. Aparelhos secretos escondidos em cada nível dar-lhe maior poder-ups.