Gruntilda está de volta, e cabe a Banjo e Kazooie para parar seu plano mestre. Em Banjo-Kazooie: A Vingança de Grunty, você vai jogar como Banjo e segui-lo através de seis mundos repletos de provas e concursos. Alguns dos desafios que devem superar incluem resolver quebra-cabeças, evitando obstáculos e lutando contra inimigos diferentes. Derrotar seus inimigos usando variedade de movimentos de combate do Banjo. Você também pode procurar a ajuda de curandeiros, que podem transformar Banjo em um rato, um tanque, e outras criaturas.