Mega Man X e seu parceiro fiel Zero tem uma nova força a ser enfrentada. Quem ou o que causou um motim de Mavericks para sair na utopia experimental conhecido como Doppler Town? Batizado em homenagem ao cientista Reploid, Doppler Cidade era para ser um lugar onde os seres humanos e reploids poderia viver em harmonia. Depois de descobrir um vírus que estava virando reploids para Mavericks, anti-virus do Doppler foi um grande sucesso. Mas a própria Doppler tornou-se infectado com o vírus e montou uma equipe para tirar as Unidades Maverick Hunter. O Efeito Doppler está prestes a acontecer, com Mega Man X e Zero a única cura para o vírus mortal!