A cruzada de Dr. Wily para governar o mundo termina abruptamente nas mãos de Mega Man, então o que é um vilão que fazer? Criar um desvio e sair da prisão! Mega Man tem as mãos cheias como laboratório de 4 máquinas gigantescas saída Dr. Wily a assolar a cidade, mas ... quem está por trás desta nova trama como Wily senta-se atrás das grades? Dr. Wily sabia que seus atos diabólicos acabaria uma falha de um dia. Robôs ataque Assim como silvo por controle remoto, o médico sinistro foge da prisão e voa em sua nave espacial. O Titanium Titan é enganado! Com a ajuda de Rush, Roll e Dr. Light, Mega Man pode colocar o escorregadio Dr. Wily de volta na prisão onde ele pertence? O futuro do mundo está pendurado na Mega Man cada movimento.