Dr. Muto é uma terceira pessoa jogo totalmente em 3D, livre de roaming, de aventura e ação definido em um universo estilizado cheia de quebra-cabeças diabólicos, dispositivos alucinantes, monstruosidades esquisitas e comédia torcida. Está Dr. Muto, um cientista louco maníaco e gênio cuja experiência mais recente foi acidentalmente destruído seu próprio planeta natal - todos, exceto para seu laboratório. O jogo apresenta um elenco de personagens incomuns incluindo ajudante do Dr. Muto, Janky, e seu inimigo, o Professor Burnital. Por simplesmente amostragem alguns DNA, o médico pode se transformar em uma aranha, rato, gorila, ou o que quer criatura lhe aprouver para se tornar. Agora, ele deve usar seus aparelhos diabólicos e capacidade morphing para roubar matéria orgânica a partir dos planetas vizinhos, a fim de reconstruir seu mundo.