Assumir uma legião de Space Pirates e uma nova força Metroid como você forjar no submundo secreto do Planeta Zebes! Cabe a você e Samus para recapturar o filhote de Metroid longo sobreviver antes mãos malignas liberar sua energia. Um exército de criaturas sinistras estão prontos para a batalha em cada turno de Zebes 'Twisted, ameaçando passagens ... incluindo o Ridley ameaçador e o grande lagarto Kraid. Derrube os inimigos com uma cambalhota assassino e swing em um feixe elétrico através de passagens estreitas! Eles são páreo para você e Samus ... mas espere! Parece que a Mother Brain voltou ...