Firefly Pântano está morrendo e as rãs do Conselho Elder pediram Frogger para salvá-lo! Para fazer isso, Frogger deve realizar uma busca cansativa para recolher os elementos sagrados necessários para manter o pântano vivo. Estes elementos foram roubadas pelo malvado Mr. D e foram espalhados ao longo de quatro mundos perigosos. Frogger deve viajar para cada mundo recuperar os elementos roubados e capangas mal derrota Mr. D's. Então, e só então ele será capaz de entrar no Templo do Sapo para enfrentar o traiçoeiro Sr. D.