É o alvorecer de uma nova era ... E os heróis da Golden Sun foram abandonados. Agora, o mundo está caindo na escuridão. Um novo grupo de aventureiros é a última esperança do mundo ... mas eles também podem ser a sua desgraça. Perseguido pelos heróis do original Golden Sun, eles devem correr para completar a sua missão antes que o mundo torna-se perdido para as idades.