Depois de anos de aparente boa vontade, Mario e Donkey Kong estão nele outra vez - desta vez, no Game Boy Advance. Donkey Kong roubou todos os brinquedos Mini-Mario Toy Co. do Mario, e agora cabe a Mario para caçar seu inimigo de longa data e recuperar os bens roubados. Como Mario, você deve correr através de níveis desafiantes ao encontrar as chaves e liberar Mini Marios antes do tempo acabar. Ao longo do caminho, você vai dominar novos movimentos que podem ajudá-lo a superar novos quebra-cabeças.