Em Mega Man Battle Network 6, o pai de Lan recebeu uma transferência do trabalho e da família move-se para Cyber ​​City, uma cidade conhecida pela realização de vários experimentos tecnológicos. Lan vai conhecer novas pessoas e construir novas amizades no mundo real enquanto Mega Man faz amizade útil Navis e encontra novos inimigos perigosos no plano virtual. Juntos, eles terão de enfrentar ameaças muito mais poderosa e perigosa do que nunca antes.