Embora apoiando a missão no planeta SR388, caçador de recompensas Samus Aran interestelar é atacada por um parasita X, um organismo com a capacidade de imitar as habilidades de qualquer criatura que infecta. Perto da morte, Samus é salvo por uma vacina feita a partir do DNA do último Metroid - do parasita X único predador natural. Quando a propagação X para uma estação de pesquisa em órbita ao redor SR388, Samus um enfraquecido é forçado a exterminá-los todos ... ou morrer tentando.