Quando Baby Mario cai do céu, os grandes de coração Yoshis voto para reuni-lo com o seu irmão gémeo do outro lado da ilha. Não vai ser fácil, mas você deve ajudá-los a assumir um Magikoopa intromissão e todo o seu elenco de subalternos desleais. Sua jornada se estende por selvas da ilha, cavernas e picos nevados - cada área repleta de quartos escondidos, passagens secretas, minigames encantadores, chefes dementes, e todos os novos amigos. Claro, Yoshi parece bonito, mas ele embala algum poder de fogo incrível - ele pode jogar ovos, pairar, stomp, bater no chão, ingerir-se inimigos, e se transformar em um submarino de brinquedo.